Alita: Last Order inizia dalla distruzione di Alita dopo i fatti avvenuti al Granite Inn (Locanda di Granito) in Alita l'angelo della battaglia. Il folle Desty Nova, creduto morto, riesce a condurre i resti di Alita su Salem ed a riassemblare il cervello di Alita grazie ai suoi strumenti nanotecnologici, e le dona il corpo cyborg più potente mai realizzato, e progettato con l'ausilio delle nanotecnologie; l'Imaginos Body. Alita affronterà quindi numerose peripezie e nuovi avversari, quali il guerriero Sechs, le inseparabili Elf e Zwolf, o il potentissimo mostro nanotecnologico Satumode; sconfiggendo Satumode salverà la vita dei cittadini di Salem sopravvissuti all'ondata di follia causata dalla divulgazione da parte di Nova dell'orribile segreto di Salem. Alita viene tuttavia a conoscenza dell'esistenza di una mitica città spaziale situata agli antipodi di Salem, detta Jeru; la risalita verso Jeru attraverso l'ascensore orbitale le permetterà di avere nuovi alleati al proprio fianco (Sechs, Elf e Zwolf) e di fare la conoscenza di nuovi personaggi come l'hacker Ping Wu ed un nuovo temibile nemico, il governatore di Jeru, Aga Mbadi, detto anche Trinidad; scoprirà molti dettagli sulla sua vita passata e viaggerà a lungo, giungendo persino sulla colonia spaziale Leviathan. Gli ultimi episodi la vedono impegnata nel torneo Z.O.T. (Zenith of All Things) presso Jeru, ad affrontare nemici fuori dal comune come Caella Sanguis, che si scoprirà essere la donna che ha causato la condanna a morte di Alita duecento anni prima; con l'esecuzione della condanna a morte Alita fu espulsa dalle autorità di Jeru nell'atmosfera al di sopra di Salem; solo così il cyberdottore Ido potrà rinvenirne i resti duecento anni dopo nella città discarica. Vi sono inoltre nuove rivelazioni riguardanti il passato e la storia della Terra nel periodo successivo all'evento che causò la quasi estinzione del genere umano, ossia la caduta di un grosso meteorite vicino al Giappone; e conseguentemente vi sono rivelazioni su alcuni importanti personaggi quali Caella Sanguis e la sua relazione con Arthur Farrell, colui che secoli prima realizzò il sistema di governo basato su Melkizedek, un computer appparentemente dotato di capacità precognitive. (storia tratta da Wikipedia).
I personaggi principali sono: ALITA, ragazza cyborg e potentissima guerriera, esperta nell'arte marziale del Panzer Kunst. È la protagonista della storia. All'inizio di "Battle Angel Alita", il dottor Daisuke Ido la risveglia da un coma secolare; all'inizio di "Last Order" il professor Desty Nova ne ricostruisce il cervello, dopo averla fatta esplodere in uno degli episodi di "Battle Angel Alita". In "Last Order", il primo risveglio apparente di Alita avviene dopo l'apparente morte di Nova; DESTY NOVA, uno scienziato pazzo dalle incredibili capacità, anch'egli originario di Salem; è un eccellente conoscitore della nanotecnologia, grazie alla quale da vita ad incredibili esperimenti. La sua principale ricerca è il "controllo del karma" e la liberazione dell'umanità da questi vincoli. In "Last Order" dispone della tecnologia che permette di realizzare dei backup dei ricordi, insieme alla capacità di clonare i corpi. A ogni sua morte ha realizzato alcune copie di backup di se stesso, che a loro volta si sono create dei backup. Questi Desty Nova finiscono per avere storie, scelte e alleanze differenti; LOU COLLINS, operatrice del G.I.B. di Salem (Ground Investigation Bureau - Ufficio per le indagini della superificie), è la migliore e forse unica vera amica e collaboratrice di Alita nel periodo in cui la protagonista lavora per conto di Salem; KAOS, figlio di Desty Nova, è un uomo dotato di eccezionali poteri psichici, lavora per trovare un accordo tra Salem e la Superficie, ed è amico di Alita; SECHS, originariamente era la replica robotica AR-6 dell'originale Alita. In seguito alla distruzione del G.I.B. inizia una nuova vita che lo porta inizialmente a scontrarsi e successivamente ad allearsi con Alita. Il suo nome, in tedesco, significa "sei". In seguito Sechs passa a un corpo artificiale di aspetto maschile, basato su tecnologie differenti dalla nanotecnologia utilizzata da Nova e Salem. Si può pensare che Sechs rappresenti, almeno inizialmente, una versione da "guerriero fanatico" di Alita, con spadone e un solo occhio, molto simile al personaggio di Gatsu nel fumetto Berserk. Per qualche numero, in assenza di un corpo cyborg, il suo corpo è stato quello di una bambolina armata di coltello (originariamente usata da Alita e Lou Collins, nel primo arco narrativo, per comunicare a distanza). Attualmente utilizza il corpo artificiale modello "Fitzroy", con la bambolina inserita nella spalla; ELF e ZWOLF, altre repliche robotiche di Alita, AR-11 e AR-12. II loro nomi significano undici e dodici in tedesco. In seguito alla distruzione del G.I.B. acquistano, come Sechs, una sorta di libero arbitrio. Hanno un carattere frivolo e rappresentano il lato fatuo della protagonista. Indossano spesso abiti appariscenti e pacchiani; JIM ROSCOE, assistente di Desty Nova. Benché non ne sia toccato direttamente, impazzisce quando Desty Nova rivela un segreto che riguarda gli abitanti maggiorenni di Salem. In seguito, scopre un altro segreto su tutti i cittadini di Salem e ordina al suo robot Satumode di distruggere tutto. Attualmente è morto. Un backup della sua mente è contenuto dentro Satumode.
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